arbetsgivarverket.se

Jobba Statligt

Doktorandtjänst inom medicinsk bioinformatik

  • Ort

    Uppsala

  • Yrkesroll

    Doktorand

  • Anställning

    Heltid, 6 månader eller längre

  • Lön

    Fast månads- vecko- eller timlön

  • Publicerad

    8 januari

  • Sök jobbet senast

    31 januari

Om jobbet

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 42.000 studenter, 7.000 anställda och en omsättning på 6,7 miljarder kronor.

Forskargruppen för klinisk farmakogenomik driver projektet Swedegene som syftar till att finna och utvärdera genetiska orsaker till läkemedelsbiverkningar.

Vi arbetar också för att möjliggöra precisionsmedicin i sjukvården inom projektet Genomic Medicine Sweden.

Projektbeskrivning:                

Ungefär en av tio inläggningar och 20% av återinläggningar består av biverkningar på läkemedel, vilket även leder till många dödsfall och livshotande komplikationer. Swedegene är ett forskningsprojekt som samlar patienter med läkemedelsbiverkningar för att studera bakomliggande genetiska mekanismer. Hela deras arvsmassa analyseras med nästa generations sekvensering (NGS) eller arraybaserad teknik. Swedegene vill anställa en doktorand för analys av dessa nya data. Målsättningen är att finna nya genetiska riskfaktorer för biverkningar. Doktorandutbildningen har fyra delmål:   

Kartläggning av kända farmakologiskt aktiva varianter i svensk population genom samarbete med SweFreq samt utveckling och implementering av en annoteringspipeline. Genomisk associations analys av Swedegene kohorten jämfört med SweFreq Rare-variant analys för Swedegene kohorten jämfört med SweFreq Pathway och Geneset analys för Swedegene kohorten jämfört med SweFreq.

Kvalifikationskrav:


Civilingenjörsexamen med inriktning mot molekylär bioteknik och bioinformatik. Kunskap inom statistiska och genomiska analysmetoder. God färdighet i arbete i Linux- eller UNIX-miljö med Python, Django, R, SQL, Snakemake, git och mjukvara som Stargazer. Erfarenhet av klusterbaserat arbete, databasunderhåll och -utveckling. Erfarenhet av processering av sekvensdata från NGS och genpaneler. God muntlig och skriftlig färdighet i svenska och engelska. Sökanden skall vara serviceinriktad, ha god samarbetsförmåga och förmåga till självständigt arbete.

Önskvärt och meriterande i övrigt:


Tidigare erfarenhet av arbete med storskaliga analysmetoder. Erfarenhet av bioinformatisk modellering inom läkemedelsområdet. Erfarenhet av arbete i Java, C och Perl. Erfarenhet av ledarskap och undervisning. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Ansökningsförfarande:


Ansökan ska innehålla ett brev där den sökande kort beskriver sig själv och sina forskningsintressen. Ansökan ska dessutom innehålla CV, kopior av examensbevis och betyg, examensarbete och övriga handlingar som sökanden önskar åberopa.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Enligt lokalt avtal (Lokalt kollektivavtal för doktorander och amanuenser).

Tillträde: Enligt överenskommelse.

Anställningsform: Doktorandanställningen avser egna studier på heltid under maximalt 4 år.

Anställningens omfattning: 100%

Upplysningar om anställningen lämnas av: Mia Wadelius tel. 018-611 4945, e-post: mia.wadelius@medsci.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 31 januari 2019, UFV-PA 2019/32.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.