arbetsgivarverket.se

Jobba Statligt

Bioinformatiker

  • Yrkesroll

    Bioinformatiker

  • Anställning

    Heltid, 6 månader eller längre

  • Lön

    Fast månads- vecko- eller timlön

  • Publicerad

    12 november

  • Sök jobbet senast

    16 december

Om jobbet

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (www.

igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 400 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 340, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 600 verksamma i arbetsstyrkan. 

Arbetsuppgifter:

Som bioinformatiker i gruppen ansvarar du för den informatiska delen av flera projekt. Det innebär att du tillsammans med andra gruppmedlemmar ska planera projektarbetet, utföra dataanalysen med hjälp av olika verktyg. Möjligheter kommer att finnas för att utveckla egna analysmetoder eller testa nya metoder som genereras av andra på olika dataset. Ett av ansvarsområdena kommer att vara analyser av data som genereras via Illumina/ Affymetrix/ Agilent-plattformar, i kombination med analyser av genetisk variation i translationella cancer-inriktade forskningsprojekt. Det andra ansvaret kommer att omfatta analyser av storskaliga parallella DNA-sekvenseringsdataset (exom och genom) inom ramen för olika projekt. Det tredje ansvarsområdet kommer att omfatta analyser av genuttryck (från array- och sekvensdata) samt analyser av CpG-metylom. Praktisk expertis inom nästa generation sekvensering (NGS), kvalitetskontroll av olika dataset, analyser av SNP-mutationer och gen-kopie-antal är också viktigt. Tidigare erfarenheter med Remote Shell Scripting (till Uppmax) och användning av Circos-Plots för visualisering av genetisk variation är ytterligare fördelar.

Kvalifikationskrav:

Masterexamen i ett område lämpligt för tjänsten, såsom t.ex. bioinformatik eller liknande. Man ska också ha en väl dokumenterad bakgrund som biolog och bioinformatiker samt en välprövad praktiskt erfarenhet (t.ex. genom publikationer inom bioinformatik). Dokumenterad erfarenhet av array-baserade plattformar (Illumina SNP och CpGmethylome arrays), särskilt inriktade på studier av strukturell variation i humant genom, värderas högt. Tidigare erfarenhet av Nexus-platformen är idealiskt. Erfarenhet med Linux/ Unix-miljö, programmeringsförmåga (t.ex. i JAVA, R, Perl, C ++, Shell scripting) samt kompetens att självständigt utveckla nya webbaserade plattformar för stor datasamling och analys (SQL-databaser och phpMyAdmin) är essentiell. Vidare är kunskap om webbapplikationsarkitektur (JSP, HTML, CSS, JavaScript, XML) ett plus. Den framgångsrika kandidaten ska också ha en förmåga att introducera andra anställda/ studenter till bioinformatik och kommunicera väl med övriga medlemmar i gruppen och därför är goda sociala färdigheter högt värderade. 

Önskvärt/meriterande i övrigt:
Önskvärt är doktorsexamen i bioinformatik. 

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: Snarast.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning på 2 år.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: 
Jan Dumanski, jan.dumanski@igp.uu.se, 018-471 5035

Välkommen med din ansökan senast den 16 december 2019, UFV-PA 2019/3776.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.